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A Taça Libertadores da América de 1965 foi a sexta edição do torneio e novamente contou com a participação de 10 clubes. O Independiente campeão da edição anterior teve vaga garantida e a Argentina teve dois participantes, pois o Boca Juniors foi o campeão nacional de 1964.
Todos os países da América do Sul estiveram presentes na Libertadores-1965, exceção feita à Colômbia não enviou representante. O Santos campeão em 1964 foi o time brasileiro no torneio.
A primeira fase foi dividida em três grupos de três equipes, ficando o campeão Independiente para entrar somente nas semifinais.
O Grupo 1 teve classificado em primeiro lugar o Boca Juniors que eliminou o The Strongest da Bolívia e o Deportivo Quito do Equador.
No Grupo 2 o classificado foi o Santos enquanto foram eliminados o Universidad de Chile e o Universitario do Peru.
E no Grupo 3 quem se classificou foi o Peñarol e eliminados o Guarani do Paraguai e o Deportivo Galícia da Venezuela.
No emparceiramento das semifinais ficaram numa perna os dois argentinos com uma vitória para cada um. O Independiente venceu o primeiro jogo por 2x0 e o Boca Juniors o segundo por 1x0.
Foi necessária uma partida desempate e o Independiente venceu por 4x1 se credenciando para disputar sua segunda final consecutiva da Libertadores.
Na outra semifinal o Peñarol num jogo desempate eliminou o Santos vencendo por 2x1 em Buenos Aires. No primeiro jogo o Santos venceu por 5x4 na Vila Belmiro e o Peñarol deu troco ganhando por 3x2 em Montevideo.
A final da Libertadores de 1965 também foi decidida em três jogos. No primeiro o Independiente venceu por 1x0 em Buenos Aires no estádio de Avellaneda. No segundo o Peñarol derrotou o time argentino por 3x1 em Montevideo.
Na decisão no Estádio Nacional de Santiago no Chile o Independiente conquistou o bicampeonato da Libertadores vencendo o Peñarol por 4x1.
Novamente o Independiente foi para a disputa da Taça Intercontinental enfrentar a Internazionale de Milão.
